Neben den verschiedenen im Voraus angegebenen und bekannten Gebühren und Provisionen tragen die Investoren ebenfalls die Kosten des Fonds für juristische Beratung, die Kontrolle seiner Rechenschaftsberichte und Jahresabschlüsse durch einen unabhängigen Wirtschaftsprüfer, obligatorische Veröffentlichungen… Diese Unkosten werden in der Regel direkt aus dem Fondsvermögen beglichen.

Ein bedeutender Kostenfaktor bei einem Investmentfonds sind die Transaktionskosten, die dem Fonds bei seinen Investitionen entstehen (wie Börsengebühren beim Kauf und Verkauf von Wertpapieren zum Beispiel). Da auch diese Kosten aus dem Fondsvermögen beglichen werden, trägt sie letztendlich ebenfalls der Anleger.

Ein Investmentfonds muss nicht zwangsläufig alle diese Gebühren und Provisionen applizieren. Häufig passen Investmentfonds ihre Gebührenstruktur an die unterschiedlichen Anlegertypen (Privatanleger oder institutionelle Investoren) und/oder Sitten und Gebräuche der Länder an, in denen sie Anleger anwerben wollen.

Die Gesamtkostenquote (besser bekannt unter dem angelsächsischen Begriff total expense ratio – TER) gibt sämtliche vom Investmentfonds im Jahresverlauf getragenen Kosten und Zahlungen in Prozent des durchschnittlichen Fondsvermögens an und kann helfen, die mit den verschiedenen Fonds verbundenen Kosten zu vergleichen. Da die TER jedoch beispielsweise die erwähnten Transaktionskosten nicht berücksichtigt, ist sie nur bedingt aussagefähig.

Passiv gemanagte, an der Börse gehandelte Investmentfonds (die sogenannten Exchange Traded Funds – ETF) berechnen wesentlich geringere Gebühren. Im Gegenzug hat der Investor die Gebühren zu tragen, die beim Kauf oder Verkauf von Wertpapieren an der Börse anfallen.